Công ty phần mềm Apteligent chia sẻ, iOS 9.3 là phiên bản phần mềm hoạt động ổn định nhất khi so sánh với các phiên bản trước đó. Dẫu rằng, nền tảng này đã mắc phải khá nhiều lỗi nghiêm trọng trong suốt thời gian qua. Chẳng hạn như lỗi khiến các thiết bị iPhone 6 Lock/iPad bị mắc kẹt ở màn hình Activation, buộc Apple phải phát hành lại một phiên bản mới hoàn toàn. Hay lỗi cơ bản treo ứng dụng trên iPhone 6s/6s Plus khi truy cập vào các đường dẫn trên Safari, Messages, Mail hay Notes. Nhưng những đo đạc từ Apteligent lại chỉ ra rằng, chỉ số ứng dụng bị đá văng (crash) trên iOS 9.3 chiếm khoảng 2,2%. Con số này còn thấp hơn cả hệ điều hành Android 6.0 Marshmallow với tỉ lệ 2,6%. 

Thậm chí, tỷ lệ crash mà iOS 9.3 còn thấp hơn cả iOS 8, iOS 9 trên iPhone 6 Plus cũ và iOS 9.2. Cả 3 nền tảng này đều chiếm tỷ lệ crash 3,2%. Trong đó, phiên bản vá lỗi iOS 9.1 với tỉ lệ crash thấp hơn. 

Hiện tại, Apple đã phát hành trở lại phiên bản iOS 9.3.1 cho người dùng cuối, nhằm khắc phục lỗi nghiêm trọng đã xảy ra trên iOS 9.3. Tất nhiên, các tính năng nổi bật trên iOS 9.3 vẫn được giữ trở lại. Nổi bật trong số đó là tính năng Night Shift - với khả năng điều chỉnh độ sáng màn hình vào ban đêm, giúp người dùng dễ ngủ hơn. Tăng cường bảo mật với ứng dụng Notes và và cải tiến 3D Touch với các sản phẩm hỗ trợ.